Olympijské hry z roku 1906 v Aténach sa ukázali ako mimoriadne, pretože ich organizátori nespĺňali požiadavku tradičného štvorročného prerušenia hry. Z tohto dôvodu Medzinárodný olympijský výbor olympijské hry oficiálne neuznal.
Hry z roku 1906 sa konali na počesť desiateho výročia prvých olympijských hier, ktoré sa konali aj v Aténach. Aby sa ešte viac zdôraznilo spojenie medzi týmito dvoma podujatiami, organizátori olympijských hier vybrali rovnaký systém súťaže ako v roku 1896. Z väčšej časti sa konali súťaže na mramorovom štadióne.
Najprv, keď v roku 1906 prišiel návrh Grécka na usporiadanie olympijských hier, MOV nedal kategorické odmietnutie. Faktom je, že v tom čase prestúpila prestíž olympijských hier a verejnosť už o nich neprejavila svoj bývalý záujem. Aby sa zabránilo konečnému kolapsu olympijského hnutia, bolo potrebné prijať opatrenia a už nebolo možné čakať do roku 1908. Aj keď MOV následne odmietne uznať olympijské hry z roku 1906, bude sa nazývať spasenie hier, ktoré umožnilo návrat záujmu verejnosti a najmä športovcov na podporu hnutia a jeho samotnej myšlienky.
Ťažkosti tiež spočívali v tom, že podľa tradície sa olympiáda mala konať v rôznych krajinách sveta, ale v roku 1906 sa mala akcia konať v Grécku, čo spôsobilo nespokojnosť členov MOV. Tak či onak, ale 22. apríla sa konalo slávnostné otvorenie hier. Keďže médiá venovali veľkú pozornosť Olympiáde v roku 1906, do Atén prišlo veľa športovcov a hostí.
Podujatia sa zúčastnilo okolo 900 športovcov z 20 krajín, medzi nimi sedem žien. V rámci olympijských hier z roku 1906 sa konali súťaže v týchto športoch: vzpieranie, grécko-rímsky zápas, oplotenie, veslovanie, plachtenie, plávanie, potápanie, atletika, streľba z lavičky a strely, cyklistika a tenis. Bohužiaľ, keďže MOV neuznal olympijské hry z roku 1906, všetky ocenenia, ktoré dostali jeho účastníci, boli neplatné a v budúcnosti sa nezohľadnili.
Záverečný ceremoniál sa konal 2. mája. Po podujatí boli jeho výsledky dlho prediskutované v rôznych krajinách, čo výrazne zvýšilo záujem verejnosti o hry. Toto bolo obzvlášť zreteľné počas olympijských hier v Londýne v roku 1908, ktorých sa zúčastnilo viac ako 2 000 športovcov.